四条通の踏み切り(四条交差踏切道)を挟んで南北に上下線の各ホームがあります。このため乗る方向により入口が変わります。
上下線とも阪急西院駅と概ね同位置に出入口があります。ただし嵐電は乗車の改札がなく均一運賃の降車時精算ですので阪急の改札口は通らずそれぞれの通路で直接ホームに上がります。

阪急の西院駅は「さいいんえき」ですが、嵐電の西院駅は「さいえき」と読み方が異なります。
西院はかつて平安京の右京四条二坊(現在の京都市右京区)にあった淳和天皇の離宮・後院「淳和院」(じゅんないん)の別名「西院」に由来します。元々は「さいいん」または「さいゐん」と読まれたようですが、時を経て「さゐ」の略称(?)が登場し、これが訛って「さい」に変じたとする説があります。明治に入り一帯に京都府葛野郡西院村が設置され、この村名は「さいいんむら」と読まれました。
変遷を経ながらも現在では概ね「さいいん」と読まれるようになりますが、嵐電は当初は西院駅を「さいんえき」と読み、後に「さいえき」に読み改めて今に至るようです。この根拠として、西院駅から一つ北の踏切「西院1号踏切」に立てられた踏切名板の「西院」に「さいん」のふりがなが付けられています。