スマートICが設置されており、サービスエリアからの乗り降りが可能です。
かつては「秦荘パーキングエリア」(はたしょうパーキングエリア)でしたが、2013(平成25)年10月21日にスマートインターチェンジ供用開始に合わせて現在の名前に変更されました。
秦荘は、かつてこの地が愛知郡秦荘町(はたしょうちょう)だったことに由来します。「湖東三山」は滋賀県湖東地方にある三つの天台宗寺院(西明寺、金剛輪寺、百済寺)の総称ですが、PA名に選ばれたのは、このPAの近くにその三山のうちの一つ金剛輪寺があることにちなんでいるものと思われます。