臨済宗南禅寺派の大本山となる禅寺です。南禅寺境内は国の史跡、方丈庭園は名勝に指定されており、また方丈や古文書が国宝、三門や勅使門および多くの像が重要文化財に指定されています。
境内は無料で拝観可能です。また入口にある三門の中、方丈庭園や本堂、および南にある南禅院がそれぞれ有料で拝観可能です。一般的な拝観であれば事前の予約も必要ありません。
南禅院は紅葉の名所としても知られ、秋には多くの参拝客で賑わいます。