JR東日本 中央本線と京王 高尾線が接続する駅です。
北口がJR東日本、南口が京王の駅となっていますが、南口側にもJRの改札口が設置されています。
現時点で南北の移動はJR東日本の改札内通路のみですが、高尾駅南北自由通路が建設予定で、都市計画名は「八王子8・5・1号高尾駅南北自由通路線」「八王子都市計画通路1号高尾駅南口自由通路線」となっています。