元々は、成田空港旅客ターミナルビルの最寄り駅として「成田空港駅」として開業した駅でした。1991(平成3)年に現在の成田空港駅が開業したことでターミナル駅としての役割を譲り、この駅は「東成田駅」に改名して今に至ります。
東成田駅となった後の2002(平成14)年10月27日、片方のホームから延伸して芝山鉄道との相互直通運転が開始されました。結果、2面4線で当駅折り返しのホーム(1·2番線)と、芝山鉄道線との直通ホーム(3·4番線)という使い分けになりました。
さらに時を経た2019(令和元)年10月26日のダイヤ改正で当駅折り返し列車が廃止されたことで、旧1·2番線が廃止、旧3·4番線が1·2番線となって現在に至っています。
現在でも空港第2ビル駅へと抜ける500mほどの地下通路があり乗り換えることができます。ただ徒歩距離が長く既に空港利用という意味では全く利便性がない駅です。主として空港施設に勤務する人が利用しているようです。