JR常磐線と流鉄の駅です。東口と西口があり、歩道橋が架けられています。
JR駅側の東口は狭く、タクシー乗り場はありますがバス停がなく、400mほどの距離がある京成バス千葉ウエストの馬橋駅入口バス停(常盤平駅北口行)、または200m少々東の県道上にあるコミュニティバスの馬橋東口商店街バス停(総合医療センター行)まで歩かなければなりません。
流鉄側の西口にはショッピングモールである「馬橋ステーションモール」と小さなバスロータリーがあり、京成バス・京成バス千葉ウエストの松戸駅または新松戸駅行の路線バスが発着します。

当駅は東から順に
常磐緩行線 上り線(1番線 松戸・北千住方面)
常磐緩行線 下り線(2番線 柏・我孫子方面)
常磐快速線 上り線
武蔵野線 馬橋支線(貨物線)
常磐快速線 下り線
流鉄 流鉄流山線
と線路が並んでおり、このうちJR駅は常磐緩行線の上下線に挟まれる形で島式ホームが設置されています。
当駅では国鉄時代は貨物扱いがありましたがJR常磐線の複々線化(緩急分離)のため貨物取扱が廃止されています。現在でも武蔵野線 馬橋支線が残っているのは流鉄の新車搬入のためで、つまり臨時車扱貨物として車両を甲種輸送するためのものです。このさい武蔵野線 馬橋支線から来た車両は、常磐快速線下り線→流山線引上線→流山線1番線と方向転換しながら入換を実施し、流鉄流山線内に入線します。