東海道本線の所属駅です。
JR西日本の運行系統として「JR京都線」が運行されています。

この駅の改札は西側のみで、東側にはありません。このため線路と駅で東西の交流が途絶え、町は東西分断されていることになります。
そこで2022(令和4)年12月より向日町駅自由通路整備・橋上化事業が進められています。自由通路として幅5m、長さ約60mの歩行者専用通路を設置、合わせてホーム上に橋上駅舎を設けて改札口をこの自由通路へと接続するよう導線の変更が実施されました。
まず2025(令和7)年10月18日に第Ⅰ期工事が完了し改札が橋上駅舎に移り改札より西側が供用開始されました。2026(令和8)年冬頃に第Ⅱ期工事が完成して改札より東側が供用開始され全面供用開始予定で、東西が接続されます。また東口にも駅前広場が作られるほか、超高層マンションも併設される予定です。