北海道新幹線と函館本線の駅です。
1902(明治35)年12月10日、北海道鉄道の初代 函館駅(後の亀田駅)と当駅間が開通した際に「本郷駅」として開業しました。
北海道鉄道は早々に国有化され、時を経て1942(昭和17)年4月1日に「渡島大野駅」に改名され、2016(平成28)年3月26日の北海道新幹線開業とともに「新函館北斗駅」に改名されて今に至ります。
現時点で北海道新幹線の終点駅で、この先は旭川までの計画があるうち札幌駅までの建設が進められていますが開業は2038(令和20)年度末とされ当面先の見通しです。