東海道本線の所属駅です。
JR西日本の運行系統として「JR京都線」が運行されています。
移転したフジテック本社の跡地再開発で2018(平成30)年3月17日に開業した駅です。東方向道なり約700m、徒歩約10分のところに阪急京都線の総持寺駅があるため、混同を避けるためJRを冠してJR総持寺駅となりました。なお、事前の駅明案募集で最も多かったのは近隣を流れる川から安威川(あいがわ)駅で、JR総持寺駅は2位だったとのことです。