大正時代に高雄口駅として開業した駅です。高雄は当駅から北西方向にある景勝地で、現在の地名で右京区梅ケ畑高雄町となります。
2007(平成19)年3月19日、当地の地名に合わせて宇多野駅に改称されて今に至ります。